Situado unos 10 años después de los eventos del Bioshock original, los ecos de los pecados pasados vuelven a resonar por las salas de Rapture. A lo largo de la costa del Atlántico, un monstruo ha estado secuestrando niñas pequeñas, llevándoselas de regreso a la ciudad submarina de Rapture. Los jugadores se calzarán las pesadas botas del ciudadano más simbólico de Rapture, el Big Daddy, para moverse a lo largo de la hermosa y decrépita ciudad caida, persiguiendo a un enemigo desconocido mientras buscan respuestas y su propia supervivencia.